全转录组测序结果初步分析 对来自HPH大鼠和对照大鼠肺部的6个样品进行全转录组测序。
ceRNA概念的提出开启了一扇转录组研究的新大门。在细胞内，除mRNA外，还有lncRNA等其他RNA分子，它们与mRNA存在相同的miRNA应答元件（MRE），形成竞争性结合关系。这意味着，lncRNA的表达水平直接影响着mRNA结合的miRNA数量，进而调控mRNA的表达水平和细胞功能。
全转录组广义上是指细胞在特定状态下所能转录出来的 所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA 。借助高通量测序技术，可以全面获取样本中转录产物信息，结合竞争性内源RNA （ ceRNA）机制， 进行联合分析，深入挖掘转录水平调控网络。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA。
无代码情况下，微生信网站上的GO富集弦图绘图模块简化了操作流程，只需准备特定格式的数据，调整图片设置，即可生成专业级的GO富集图。通过微调，这些图可用于满足杂志出版的要求。除了Metascape，Cytoscape和BiNGO插件也能进行富集分析，而David、Gene Ontology Consortium和Webgestal等工具则提供了其他选择。
1、高质量的富集分析在SCI文章中能够为研究提供有力的证据支持。例如，在揭示肿瘤亚型的案例中，通过单细胞RNA测序识别不同胶质母细胞瘤亚群的特异差异表达基因，并进行功能富集分析，可以揭示特定生物学功能，进而完成亚型区分和后续分析。
2、探索基因世界的核心秘密，从懵懂小白到科研高手的必经之路——基因富集分析。这是一场深入解读生命奥秘的旅程，通过GSEA（基因集富集分析）揭示基因在生物学过程中的非凡角色。让我们一起揭开其神秘面纱。富集分析，就像科学家的放大镜，聚焦于一组基因如何共同参与生物过程。
3、GSEA分析主要依赖于三个文件：MSigDB提供的预定义基因集（.gmt）、表达矩阵（.gct）和表型信息（.cls）。首先，从官方网站获取并准备这些文件格式，GSEA官网地址：gsea-msigdb.org/gsea/in...分析过程中，关键在于理解GSEA的结果解读。
4、基因集富集分析（GSEA）是一种用于研究基因表达数据的统计方法，它通过预定义的基因集来评估在特定条件下基因表达的富集情况。GSEA在科学研究中广泛应用，尤其是在基于RNA的数据分析中，它为基因筛选提供了一种重要的方式。
1、首先进入界面后可以输入或者直接导入序列文件。点击custom analysis即可。网站不仅提供了富集信息，还给了PPI 的结果。查看分析报告页（橘色按钮）ps： excel 小技巧 = B2&：&C2 可以合并BC2两格内容 将GO 分析表格存储在excel中 接着可以拿去作图了，GO/KEGG 数值。
2、GO（基因本体论）分析是一种通过基因ID或序列注释找到对应GO号的方法，涵盖了三个子领域：细胞成分（CC）描述基因产物的位置，如细胞器；分子功能（MF）关注单个产物的功能，如活性；生物过程（BP）则包括有序的生物过程，如细胞生命历程。KEGG pathway分析则聚焦于基因产物在细胞通路中的作用。
3、我们之前提到metascape可以做到： 转录组不求人系列（十二）： Cell文章最喜欢用的差异基因GO、KEGG富集分析工具 ，除此之外，之前讲过的气泡图也可以展现多组的结果： 复现《nature communications》图表（四）：ggplot画多组富集气泡图 。
4、除了Metascape，Cytoscape和BiNGO插件也能进行富集分析，而David、Gene Ontology Consortium和Webgestal等工具则提供了其他选择。值得注意的是，弦图不仅适用于GO分析，还能用于KEGG通路的结果展示。总的来说，通过这些工具和平台，我们可以实现对GO分析结果的深度和全面可视化，为科研论文增添更丰富的视觉呈现。
5、GO term功能富集基于基因本体数据库，分析基因在细胞组分、分子功能和生物学过程中的角色。KEGG pathway通路富集关注基因在特定生物途径中的作用。MSigDB基因集富集利用已知的基因集合进行分析，而单基因富集则是基于与单个基因相关联的其他基因集合，通过差异法和相关法进行统计分析。
6、GO （基因本体） 和 KEGG （基因组注释） 是两大常用工具，它们揭示基因的功能定位和通路连接。而像DAVID、clusterProfiler和Metascape这样的软件，更是分析的得力助手，它们通过累积超几何分布等统计方法，严谨地校正多重检验，确保结果的可靠性。
1、在生信学习的第三天，我们将探讨多基因GO和KEGG富集分析的重要工具。首先，DAVID数据库是一个实用的资源，它为大规模基因或蛋白列表提供了详尽的生物功能注释，帮助研究人员挖掘有价值的信息。这个数据库主要应用于差异基因的功能和途径分析，它通过统计方法找出显著的生物学注释关联到输入基因列表。
2、Entrez Gene ID Entrez Gene ID，由NCBI的基因数据库提供，通常以数字形式出现，如7219，是生物信息学研究中的基础标识。它被称作Entrez ID或Gene ID，是生物数据库中至关重要的编码。
3、IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 015 中科院分区表3区，CCF B类期刊 审稿速度：0 经验分享：期刊难度高，影响因子低，中稿难度大。审稿速度：0 经验分享：交叉学科期刊，深度学习领域发文较好。
4、最新发布的信息显示，Journal of Inflammation Research期刊在免疫学领域具有较高影响力，位于SCI影响因子5的水平，特别是在分子基础、细胞生物学和炎症药理学研究方面。作为新西兰医学领域的开放获取期刊，它接受生信分析文章，特别关注COVID-19等相关疾病的科研成果。
